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说明RdRp的变异可能和宿主物种相适应马来菊头蝠

归档日期:09-17       文本归类:异裂菊属      文章编辑:爱尚语录

  蝙蝠,在中国活了几千年!背锅有点冤.不如说病毒来源于空气质量,于是,猪和鸡再次遭殃!

  没有这方面专业知识但有过相关学习经历的普通人强行答一波(与题无关自己的一点小经历)

  论文通讯作者是山东第一医科大学基础医学院病原生物学研究所所长史卫峰,中国科学院微生物研究所病毒传播预警与致病机制研究组组长毕玉海,中国科学院西双版纳热带植物园综合保护中心景观生态组组长Alice Catherine Hughes。

  在RBD的系统发育中,SARS-CoV-2与穿山甲CoV / GD的关系最为密切,蝙蝠病毒的位置更趋异,再次表明了重组(图C)。

  所以目前看来,从中华菊头蝠出发寻找下游动物宿主,依然不能保证成功,但是不算是一个错误的研究方向。

  结论:马来菊头蝠中发现的RmYN02病毒可能与演化出SARS-CoV-2的未知病毒X 来自同一祖先,但是中华菊头蝠的RaTG13依然更接近SARS-CoV-2的动物源头。

  RmYN02在与SARS-CoV-2最接近的1ab基因中的同源性为97.2%。

  研究者对RmYN02,RaTG13,SARS-CoV-2和穿山甲β-CoVs进行了系统发育分析。与先前的研究一致,穿山甲β-冠状病毒形成了两个得到良好支持的子谱系,代表了广西(Pangolin-CoV / GX)和广东省(Pangolin-CoV / GD)省的走私当局缉获的动物(图A)。

  RmYN02在RBD(受体节结合区域)与新冠病毒差距很大(相似度为61.3%),也就是大概率不会和ACE2受体结合,至于RBD为啥差的这么多有可能是这部分发生了重组。

  a) 全长基因组方面,RmYN02与SARS-CoV-2最相近。但是因为两者被较长的分支分开,所以看起来RmYN02更像是 和SARS-CoV-2来自相同“祖先”的分家了一定时间的“兄弟”;而RaTG13则与“祖先”更接近。

  d) 在宿主体内复制必需的RdRp聚合酶编码基因方面,RmYN02与RaTG13聚在一起,可能是因为两者都来自蝙蝠。说明RdRp的变异可能和宿主物种相适应。

  上个月预测华农的穿山甲要发nature,结果他们还真发了nature。然后前几天预测,在马来亚穿山甲的栖息地可能有更接近SARS-cov-2病毒的蝙蝠冠状病毒的存在,竟然又被验证了。

  c) 可能决定结合ACE2受体的能力的RBD受体结合域基因方面,RmYN02则完全和Sarbecoronavirus亚属里的其他病毒聚到了一起。和SARS-CoV-2在受体结合域方面有如此大的差异,也暗示了RmYN02不太可能有通过ACE2感染人类的能力。

  但是,无法确定穿山甲是这些病毒的天然储存器,还是它们独立于蝙蝠或其他野生动植物而获得这些病毒,都需要进一步取样。

  基于以上2点可以认为我们常说的S蛋白中S1和S2部分的氨基酸插入在自然界中是存在的,也侧面证明了某些人说新冠病毒是人造病毒的说法是胡扯。

  就是我上边截图里画红圈的地方。这地方的物种和东南亚一些国家的物种分部是有很多重叠的,论文中也提到,马来菊头蝠和中华菊头蝠都广泛分布于中国西南部和东南亚地区。一般来说,这些蝙蝠不会长距离迁移,群居性很强,很可能生活在同一个洞穴中,这可能会促进它们之间的病毒交换和重组的发生。

  最后,对通常用于RNA病毒的系统发育分析的完整RNA依赖性RNA聚合酶(RdRp)基因的系统发育分析表明,RmYN02,RaTG13和SARS-CoV-2与穿山甲病毒形成了一个与分子生物学不同的良好支持的亚簇。(图D)。

  所以在此重复下我上次预测的观点:在马来亚穿山甲的生存地点,在其中生存的

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